广西农牧工程学校2017年成立畜牧兽医专业科，2019年成立畜牧兽医专业部，畜牧兽医专业部目前有畜禽生产技术、宠物养护与经营、中草药栽培、休闲农业生产与经营、作物生产技术5个专业，现有在校生3000多人，其中畜禽生产技术、宠物养护与经营专业是自治区级优质专业，畜禽生产技术专业是广西农牧工程学校老牌主干专业，是国家示范校建设专业、国家重点建设专业、自治区品牌建设专业、自治区“示范专业+实训基地”专业。畜牧兽医专业部现有专业教师56人，其中研究生学历13人，副高职称26人，正高职称2人，拥有中级及以上技能资格证书48人。

专业部有动物药理实训室、动物病理实训室、动物微生物实训室、宠物医院、宠物驯导场、动物医院和小牧场等30多个校内实训室和实训基地，并与广西扬翔股份有限公司、广西农垦永新畜牧集团西江有限公司、宾阳县益豚生态农业有限公司、广西武宣金泰丰农业科技发展有限公司、广西叁皇养殖集团有限公司、柳州巴迪宠物医院有限公司、新瑞鹏宠物医疗集团、贺州广东温氏畜禽有限公司、广东台山市河东家禽有限公司、广东深圳市仁爱宠物医院等区内外畜禽养殖与疾病防治、宠物诊疗与美容等相关企业建立了紧密合作，建立了50多个校外实训基地，联合培养学生，为学生的职业发展提供了可靠保证，目前学校已经为区内外畜牧行业输送了40000多名技能型、实用型人才。

畜牧兽医专业部注重培养学生的综合能力，在学好理论知识的同时锻炼学生的实践能力，多元化的培养方式让学生取得了荣誉，在2024年广西职业院校技能大赛中职组《饲料营养与检测》赛项中我校荣获团体总分第一，在2024年世界职业院校技能大赛争夺赛（中职组）饲料营养与检测赛项荣获铜牌。大赛取得的成绩，充分展示了畜牧兽医专业部的实力。